马祖的开发最早始於元朝，是大陆渔民出海捕渔时休憩避风之所，明末清初期间当地为倭寇所盘据。到了清朝初期才又有福州沿海渔民移居此地，并逐渐形成具血缘关系的村落，其中以陈、林、曹、王、刘为大姓族群。今日南竿是马祖第一大岛和人口最集中地区，为连江县县治所在是马祖的政经文教中心。

马祖地区的风土民情承袭於大陆福建闽东地区，当地语言为福州话（长乐口音居多），当地人多称为「平话」或「马祖话」。马祖因四周环海又多风，当地居民多利用花岗岩块，沿著山坡地兴建，其结构多为方正双层独栋建筑，窗户小开於高处，窗棂以石条为骨架，屋脊为曲缐造型如火焰燃烧般的「封火山墙」，屋顶以红或灰瓦覆盖并於接缝处压上石头，以防犟烈海风吹刮侵袭。部分房屋受到南洋的欧式建筑影响，俗称「洋楼」或「蕃囝搭」。

大陆易手後，马祖进入近40馀年之战地政务与军事相关管制，所有皆划为军事重地。随处可见结构复杂的军事建筑、鬼斧神工的地下坑道及港口、据点、炮座、训练场所、军医院等军事设施，深具独特战地风光。自1992年11月7日起正式解除战地政务後，军方已陆续开放不同类型之军事观光资源，交由连江县政府与国家风景区管理处经营供游客参访。

　马祖地区属亚热带海洋性气候，有分明的四季天气，冬冷潮湿，春夏交际多雾，秋天一般天候稳定。马祖的纬度略高於台湾北部（约一度），惟因靠近中国大陆的大陆型气候，气温比台北低，年平均温度为摄氏18．6度，早晚温差亦大，每年气温12月至2月间最低，3月份以後慢慢上升；7、8月气温最高，月平均温度在29度左右，此後逐渐下降，2月份月均温最低，仅10度左右。

　风速在10月至翌年3月间，大陆冷气团南下，有犟烈东北季风吹袭，故风速最大；尤其是3至5月间，开始吹南风形成多云雾的天气，这是有名的平流雾。每年春天，南风从台湾海峡带来暖湿空气，和气温较低的马祖地面、水域接触，便形成浓雾。平流雾的厚度可达七、八百公尺以上，天气好时的日间太阳辐射最多只能消除云层顶部一部分，因此；如果平流雾历久不散，能见度骤降，这就是为何马祖地区的航班常常於此季节飞飞停停的原因。

　马祖地区全年降雨量多集中於4至5月，台风则多发生於7、8月，年平均雨量约1060公釐，不到台湾雨量的一半，雨季集中在4至9月的梅雨季及台风季。