阿克苏站目前有8条列车运营线路经过，主要指标包括列车车次、始发站终点站名称、到达时间、发车时间、累计用时、累计距离等。
| 车次 | 类型 | 始发站 | 始发时间 | 阿克苏站 到达时间 |
阿克苏站 发车时间 |
终点站 | 到达时间 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| N886/N887 | 空调快速 | 乌鲁木齐 | 12:09 | 第2日05:23 | 05:32 | 喀什 | 11:04 |
| N885/N888 | 空调快速 | 喀什 | 13:06 | 18:32 | 18:42 | 乌鲁木齐 | 12:17 |
| 7556/7557 | 普慢 | 乌鲁木齐 | 13:23 | 第2日12:55 | 13:08 | 喀什 | 19:49 |
| 7555/7558 | 普慢 | 喀什 | 09:46 | 16:28 | 16:37 | 乌鲁木齐 | 17:19 |
| 5805/5808/X808 | 普快 | 阿克苏 | 15:50 | 15:50 | 15:50 | 乌鲁木齐 | 11:03 |
| 2662 | 普快 | 阿克苏 | 20:03 | 20:03 | 20:03 | 兰州 | 10:48 |
| 2661 | 普快 | 兰州 | 14:19 | 第3日08:45 | 08:45 | 阿克苏 | 08:45 |
| 5806/5807 | 空调普快 | 乌鲁木齐 | 22:50 | 第2日17:03 | 17:03 | 阿克苏 | 17:03 |
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