武夷山站目前有15条列车运营线路经过，主要指标包括列车车次、始发站终点站名称、到达时间、发车时间、累计用时、累计距离等。
| 车次 | 类型 | 始发站 | 始发时间 | 武夷山站 到达时间 |
武夷山站 发车时间 |
终点站 | 到达时间 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| K321/K324 | 空调快速 | 合肥西 | 18:35 | 第2日06:54 | 06:57 | 福州 | 12:34 |
| K322/K323 | 快速 | 福州 | 14:02 | 19:39 | 19:48 | 合肥西 | 08:39 |
| K29/K32 | 快速 | 洛阳 | 14:08 | 第2日07:43 | 07:47 | 福州 | 14:26 |
| 2001 | 空调普快 | 南京西 | 11:45 | 第2日05:07 | 05:11 | 福州 | 11:34 |
| 2002 | 普快 | 福州 | 11:08 | 17:14 | 17:21 | 南京西 | 09:15 |
| K163 | 空调快速 | 嘉兴 | 13:32 | 第2日23:33 | 23:36 | 福州 | 06:25 |
| K164 | 快速 | 福州 | 15:12 | 21:01 | 21:17 | 嘉兴 | 06:53 |
| K198/K199 | 空调快速 | 厦门 | 22:14 | 第2日11:55 | 12:01 | 松江 | 21:37 |
| N545/N548/N581 | 空调快速 | 武夷山 | 18:04 | 18:04 | 18:04 | 厦门 | 06:38 |
| K197 | 空调快速 | 松江 | 19:07 | 第2日04:01 | 04:06 | 厦门 | 16:55 |
| N550 | 空调快速 | 福州 | 08:32 | 14:35 | 14:35 | 武夷山 | 14:35 |
| N549 | 空调快速 | 武夷山 | 15:30 | 15:30 | 15:30 | 福州 | 21:44 |
| N546/N547 | 空调快速 | 厦门 | 19:06 | 第2日08:15 | 08:15 | 武夷山 | 08:15 |
| Z59 | 空调直达特快 | 北京西 | 17:38 | 第2日08:35 | 08:39 | 福州 | 13:16 |
| Z57/Z60 | 空调直达特快 | 福州 | 16:02 | 20:33 | 20:36 | 北京西 | 11:38 |
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