博克图站目前有19条列车运营线路经过，主要指标包括列车车次、始发站终点站名称、到达时间、发车时间、累计用时、累计距离等。
| 车次 | 类型 | 始发站 | 始发时间 | 博克图站 到达时间 |
博克图站 发车时间 |
终点站 | 到达时间 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6236 | 普慢 | 海拉尔 | 06:17 | 10:36 | 10:43 | 齐齐哈尔 | 18:01 |
| 6235 | 普慢 | 齐齐哈尔 | 06:54 | 14:34 | 14:40 | 海拉尔 | 20:02 |
| 1302 | 空调普快 | 满洲里 | 13:18 | 19:24 | 19:30 | 北京 | 21:16 |
| 1301 | 空调普快 | 北京 | 11:04 | 第2日12:14 | 12:19 | 满洲里 | 18:57 |
| K20 | 快速 | 满洲里 | 00:53 | 06:04 | 06:10 | 北京 | 05:20 |
| 6238/6239 | 普慢 | 海拉尔 | 07:28 | 11:53 | 12:16 | 塔尔气 | 16:37 |
| 6237/6240 | 普慢 | 塔尔气 | 08:09 | 12:32 | 12:38 | 海拉尔 | 16:59 |
| K273/K276/K278 | 空调快速 | 海拉尔 | 16:05 | 19:02 | 19:08 | 呼和浩特 | 06:48 |
| 4192/4193 | 普快 | 满洲里 | 06:09 | 13:41 | 13:47 | 绥芬河 | 07:50 |
| 2082/2084 | 空调普快 | 海拉尔 | 19:50 | 23:02 | 23:08 | 大连 | 21:02 |
| N58/N60 | 快速 | 满洲里 | 19:32 | 第2日01:58 | 02:06 | 哈尔滨东 | 12:07 |
| 4191/4194 | 普快 | 绥芬河 | 18:40 | 第2日13:46 | 13:52 | 满洲里 | 21:52 |
| N91 | 空调快速 | 哈尔滨东 | 19:12 | 第2日03:07 | 03:13 | 满洲里 | 10:14 |
| N57/N59 | 快速 | 哈尔滨东 | 16:51 | 第2日02:06 | 02:16 | 满洲里 | 09:11 |
| 2624 | 空调普快 | 满洲里 | 19:20 | 第2日01:35 | 01:41 | 大连 | 21:32 |
| 2623 | 空调普快 | 大连 | 08:09 | 第2日03:59 | 04:05 | 满洲里 | 10:32 |
| K274/K275/K277 | 空调快速 | 呼和浩特 | 20:30 | 第3日08:33 | 08:39 | 海拉尔 | 11:40 |
| N92 | 空调快速 | 满洲里 | 17:10 | 23:33 | 23:40 | 哈尔滨东 | 08:03 |
| 2081/2083 | 空调普快 | 大连 | 08:24 | 第2日04:26 | 04:32 | 海拉尔 | 07:49 |
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