三明站目前有23条列车运营线路经过，主要指标包括列车车次、始发站终点站名称、到达时间、发车时间、累计用时、累计距离等。
| 车次 | 类型 | 始发站 | 始发时间 | 三明站 到达时间 |
三明站 发车时间 |
终点站 | 到达时间 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| N536 | 空调快速 | 厦门 | 08:28 | 14:54 | 14:54 | 三明 | 14:54 |
| N535 | 空调快速 | 三明 | 15:40 | 15:40 | 15:40 | 厦门 | 22:11 |
| N506/N507 | 空调快速 | 厦门 | 18:50 | 第2日01:52 | 02:05 | 南昌 | 11:36 |
| K242/K243 | 空调快速 | 西安 | 20:01 | 第2日22:43 | 22:46 | 厦门 | 06:22 |
| K241/K244 | 空调快速 | 厦门 | 17:36 | 第2日00:34 | 00:37 | 西安 | 06:15 |
| K198/K199 | 空调快速 | 厦门 | 22:14 | 第2日06:01 | 06:05 | 松江 | 21:37 |
| 2026 | 空调普快 | 厦门 | 21:00 | 第2日05:02 | 05:06 | 合肥 | 03:20 |
| 2025 | 空调普快 | 蚌埠 | 12:37 | 第2日10:36 | 10:40 | 厦门 | 17:33 |
| 2249 | 空调普快 | 杭州 | 09:50 | 第2日00:28 | 00:36 | 厦门 | 10:11 |
| N545/N548/N581 | 空调快速 | 武夷山 | 18:04 | 23:16 | 23:19 | 厦门 | 06:38 |
| K197 | 空调快速 | 松江 | 19:07 | 第2日09:34 | 09:43 | 厦门 | 16:55 |
| N505/N508 | 空调快速 | 南昌 | 18:23 | 第2日04:35 | 04:39 | 厦门 | 11:42 |
| 5210 | 普快 | 厦门 | 14:56 | 21:54 | 22:01 | 景德镇 | 09:19 |
| 5209 | 普快 | 景德镇 | 11:45 | 21:56 | 21:59 | 厦门 | 05:32 |
| 2250 | 空调普快 | 厦门 | 10:20 | 17:26 | 17:31 | 杭州 | 08:00 |
| N540/N541 | 快速 | 福州 | 10:08 | 16:01 | 16:05 | 龙岩 | 20:38 |
| N539/N542 | 快速 | 龙岩 | 08:37 | 13:19 | 13:25 | 福州 | 20:12 |
| K636/K637 | 空调快速 | 深圳 | 21:06 | 第2日10:13 | 10:17 | 福州 | 15:10 |
| K635/K638 | 空调快速 | 福州 | 21:16 | 第2日02:03 | 02:06 | 深圳 | 15:11 |
| N546/N547 | 空调快速 | 厦门 | 19:06 | 第2日02:49 | 02:52 | 武夷山 | 08:15 |
| 2522 | 空调普快 | 厦门 | 09:45 | 17:56 | 18:00 | 南京西 | 16:05 |
| 2521 | 空调普快 | 南京西 | 22:08 | 第2日20:07 | 20:12 | 厦门 | 05:02 |
| K307 | 空调快速 | 北京西 | 11:57 | 第2日12:32 | 12:36 | 厦门 | 19:32 |
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