扬州站目前有28条列车运营线路经过，主要指标包括列车车次、始发站终点站名称、到达时间、发车时间、累计用时、累计距离等。
| 车次 | 类型 | 始发站 | 始发时间 | 扬州站 到达时间 |
扬州站 发车时间 |
终点站 | 到达时间 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| K381/K384 | 空调快速 | 泰州 | 18:45 | 19:25 | 19:34 | 汉口 | 09:17 |
| K382/K383 | 空调快速 | 汉口 | 20:08 | 第2日08:16 | 08:20 | 泰州 | 09:04 |
| K221/K224 | 空调快速 | 泰州 | 14:50 | 15:30 | 15:54 | 广州 | 18:20 |
| K222/K223 | 空调快速 | 广州 | 09:18 | 第2日11:04 | 11:07 | 泰州 | 11:56 |
| Z29 | 直达特快 | 北京 | 21:37 | 第2日08:04 | ---- | 扬州 | 08:04 |
| Z30 | 直达特快 | 扬州 | 20:10 | ---- | 20:10 | 北京 | 06:20 |
| N454/N455 | 空调快速 | 南京 | 08:32 | 09:46 | 09:49 | 南通 | 12:18 |
| N453/N456 | 空调快速 | 南通 | 14:28 | 17:06 | 17:10 | 南京 | 18:22 |
| 5096/5097 | 普快 | 南京 | 14:08 | 15:29 | 15:33 | 南通 | 18:06 |
| 5095/5098 | 普快 | 南通 | 08:28 | 10:59 | 11:07 | 南京 | 12:28 |
| T786/T787 | 空调特快 | 义乌 | 07:40 | 15:46 | 15:51 | 泰州 | 16:37 |
| T785/T788 | 空调特快 | 泰州 | 11:37 | 12:22 | 12:25 | 杭州 | 19:40 |
| T782/T783 | 空调特快 | 上海 | 14:39 | 20:05 | 20:05 | 扬州 | 20:05 |
| T781/T784 | 空调特快 | 扬州 | 08:28 | 08:28 | 08:28 | 上海 | 13:22 |
| N458/N459 | 空调快速 | 衢州 | 16:50 | 第2日04:35 | 04:39 | 南通 | 07:10 |
| N457/N460 | 空调快速 | 南通 | 20:50 | 22:57 | 23:02 | 衢州 | 09:46 |
| K60/K61 | 空调快速 | 西安 | 17:48 | 第2日14:00 | 14:00 | 扬州 | 14:00 |
| K59/K62 | 空调快速 | 扬州 | 16:28 | 16:28 | 16:28 | 西安 | 13:25 |
| K246/K247 | 空调快速 | 成都 | 21:15 | 第3日06:28 | 06:28 | 扬州 | 06:28 |
| K245/K248 | 空调快速 | 扬州 | 10:35 | 10:35 | 10:35 | 成都 | 22:28 |
| K425/K428 | 空调快速 | 南京 | 22:25 | 23:51 | 23:55 | 连云港东 | 09:15 |
| K426/K427 | 空调快速 | 连云港东 | 08:18 | 18:26 | 18:34 | 南京 | 20:02 |
| K413/K416 | 空调快速 | 四方 | 09:00 | 20:50 | 20:50 | 扬州 | 20:50 |
| K414/K415 | 空调快速 | 扬州 | 09:02 | 09:02 | 09:02 | 四方 | 21:06 |
| 5111/5114 | 空调普快 | 温州 | 21:40 | 第2日13:36 | 13:41 | 南通 | 16:46 |
| K568/K569 | 空调快速 | 南通 | 15:24 | 17:42 | 17:54 | 重庆北 | 05:30 |
| K567/K570 | 空调快速 | 重庆北 | 20:58 | 第3日07:59 | 08:03 | 南通 | 10:12 |
| 5112/5113 | 空调普快 | 南通 | 20:17 | 22:33 | 22:42 | 温州 | 13:45 |
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