如皋站目前有8条列车运营线路经过，主要指标包括列车车次、始发站终点站名称、到达时间、发车时间、累计用时、累计距离等。
| 车次 | 类型 | 始发站 | 始发时间 | 如皋站 到达时间 |
如皋站 发车时间 |
终点站 | 到达时间 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| N454/N455 | 空调快速 | 南京 | 08:32 | 11:46 | 11:50 | 南通 | 12:18 |
| N453/N456 | 空调快速 | 南通 | 14:28 | 14:56 | 14:59 | 南京 | 18:22 |
| 5096/5097 | 普快 | 南京 | 14:08 | 17:34 | 17:38 | 南通 | 18:06 |
| 5095/5098 | 普快 | 南通 | 08:28 | 09:06 | 09:10 | 南京 | 12:28 |
| 5100 | 普快 | 南通 | 09:14 | 09:42 | 09:48 | 淮安 | 13:19 |
| 5099 | 普快 | 淮安 | 14:15 | 17:55 | 18:00 | 南通 | 18:28 |
| 5079 | 普快 | 淮安 | 08:24 | 12:10 | 12:13 | 南通 | 12:41 |
| 5080 | 普快 | 南通 | 14:54 | 15:22 | 15:24 | 淮安 | 19:10 |
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