南通站目前有18条列车运营线路经过，主要指标包括列车车次、始发站终点站名称、到达时间、发车时间、累计用时、累计距离等。
| 车次 | 类型 | 始发站 | 始发时间 | 南通站 到达时间 |
南通站 发车时间 |
终点站 | 到达时间 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| N454/N455 | 空调快速 | 南京 | 08:32 | 12:18 | 12:18 | 南通 | 12:18 |
| N453/N456 | 空调快速 | 南通 | 14:28 | 14:28 | 14:28 | 南京 | 18:22 |
| 5096/5097 | 普快 | 南京 | 14:08 | 18:06 | 18:06 | 南通 | 18:06 |
| 5095/5098 | 普快 | 南通 | 08:28 | 08:28 | 08:28 | 南京 | 12:28 |
| 5100 | 普快 | 南通 | 09:14 | 09:14 | 09:14 | 淮安 | 13:19 |
| 5099 | 普快 | 淮安 | 14:15 | 18:28 | 18:28 | 南通 | 18:28 |
| N458/N459 | 空调快速 | 衢州 | 16:50 | 第2日07:10 | 07:10 | 南通 | 07:10 |
| N457/N460 | 空调快速 | 南通 | 20:50 | 20:50 | 20:50 | 衢州 | 09:46 |
| K563/K566 | 空调快速 | 太原 | 13:30 | 第2日09:05 | 09:05 | 南通 | 09:05 |
| 5079 | 普快 | 淮安 | 08:24 | 12:41 | 12:41 | 南通 | 12:41 |
| 5080 | 普快 | 南通 | 14:54 | 14:54 | 14:54 | 淮安 | 19:10 |
| Z52 | 空调直达特快 | 南通 | 19:06 | 19:06 | 19:06 | 北京 | 07:36 |
| Z51 | 空调直达特快 | 北京 | 19:20 | 第2日07:42 | 07:42 | 南通 | 07:42 |
| 5111/5114 | 空调普快 | 温州 | 21:40 | 第2日16:46 | 16:46 | 南通 | 16:46 |
| K564/K565 | 空调快速 | 南通 | 13:04 | 13:04 | 13:04 | 太原 | 09:12 |
| K568/K569 | 空调快速 | 南通 | 15:24 | 15:24 | 15:24 | 重庆北 | 05:30 |
| K567/K570 | 空调快速 | 重庆北 | 20:58 | 第3日10:12 | 10:12 | 南通 | 10:12 |
| 5112/5113 | 空调普快 | 南通 | 20:17 | 20:17 | 20:17 | 温州 | 13:45 |
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