南京西站目前有34条列车运营线路经过，主要指标包括列车车次、始发站终点站名称、到达时间、发车时间、累计用时、累计距离等。
| 车次 | 类型 | 始发站 | 始发时间 | 南京西站 到达时间 |
南京西站 发车时间 |
终点站 | 到达时间 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2555/2558 | 普快 | 东营 | 16:33 | 第2日07:30 | 07:30 | 南京西 | 07:30 |
| 2556/2557 | 普快 | 南京西 | 14:45 | 14:45 | 14:45 | 东营 | 05:01 |
| T111/T114 | 空调特快 | 兰州 | 18:42 | 第2日16:55 | ---- | 南京西 | 16:55 |
| T112/T113 | 空调特快 | 南京西 | 16:31 | ---- | 16:31 | 兰州 | 13:52 |
| T65 | 空调特快 | 北京 | 21:52 | 第2日09:03 | ---- | 南京西 | 09:03 |
| T66 | 空调特快 | 南京西 | 22:07 | ---- | 22:07 | 北京 | 09:24 |
| 5131 | 空调普快 | 南京西 | 19:03 | 19:03 | 19:03 | 常州 | 21:00 |
| K26 | 空调快速 | 深圳西 | 11:56 | 第2日13:56 | 13:56 | 南京西 | 13:56 |
| K25 | 空调快速 | 南京西 | 15:40 | 15:40 | 15:40 | 深圳西 | 16:57 |
| K156 | 空调快速 | 昆明 | 08:18 | 第3日10:30 | 10:30 | 南京西 | 10:30 |
| T770 | 空调特快 | 宁波 | 09:50 | 17:59 | 17:59 | 南京西 | 17:59 |
| T769 | 空调特快 | 南京西 | 06:10 | 06:10 | 06:10 | 宁波 | 14:40 |
| T768 | 空调特快 | 上海 | 17:41 | 21:08 | 21:08 | 南京西 | 21:08 |
| T767 | 空调特快 | 南京西 | 18:54 | 18:54 | 18:54 | 上海 | 22:45 |
| T766 | 空调特快 | 上海 | 12:27 | 15:58 | 15:58 | 南京西 | 15:58 |
| T765 | 空调特快 | 南京西 | 07:50 | 07:50 | 07:50 | 上海 | 11:27 |
| 2001 | 空调普快 | 南京西 | 11:45 | 11:45 | 11:45 | 福州 | 11:34 |
| 2002 | 普快 | 福州 | 11:08 | 第2日09:15 | 09:15 | 南京西 | 09:15 |
| K161 | 空调快速 | 北京 | 16:02 | 第2日06:44 | 06:44 | 南京西 | 06:44 |
| K155 | 空调快速 | 南京西 | 16:25 | 16:25 | 16:25 | 昆明 | 22:03 |
| K528 | 空调快速 | 广州 | 08:00 | 第2日08:30 | 08:30 | 南京西 | 08:30 |
| K527 | 空调快速 | 南京西 | 23:50 | 23:50 | 23:50 | 广州 | 04:40 |
| 5055/5058 | 空调普快 | 南京西 | 22:40 | 22:40 | 22:40 | 温州 | 13:05 |
| 5056 | 空调普快 | 温州 | 20:10 | 第2日10:48 | 10:48 | 南京西 | 10:48 |
| 2522 | 空调普快 | 厦门 | 09:45 | 第2日16:05 | 16:05 | 南京西 | 16:05 |
| 2521 | 空调普快 | 南京西 | 22:08 | 22:08 | 22:08 | 厦门 | 05:02 |
| 2240 | 普快 | 南昌 | 14:29 | 第2日07:38 | 07:38 | 南京西 | 07:38 |
| 2239 | 普快 | 南京西 | 13:18 | 13:18 | 13:18 | 南昌 | 06:01 |
| 1432/1433A | 空调普快 | 南京西 | 19:25 | 19:25 | 19:25 | 成都 | 08:13 |
| 1431/1434A | 空调普快 | 成都 | 20:00 | 第3日09:35 | 09:35 | 南京西 | 09:35 |
| 7102 | 普慢 | 黄山 | 06:30 | 17:00 | 17:00 | 南京西 | 17:00 |
| 7101 | 普慢 | 南京西 | 05:20 | 05:20 | 05:20 | 黄山 | 14:40 |
| K594/K595 | 空调快速 | 南京西 | 19:13 | 19:13 | 19:13 | 乌鲁木齐 | 18:36 |
| K593/K596 | 空调快速 | 乌鲁木齐 | 11:51 | 第3日13:38 | 13:38 | 南京西 | 13:38 |
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