南京南站目前有10条列车运营线路经过，主要指标包括列车车次、始发站终点站名称、到达时间、发车时间、累计用时、累计距离等。
| 车次 | 类型 | 始发站 | 始发时间 | 南京南站 到达时间 |
南京南站 发车时间 |
终点站 | 到达时间 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2181/2184 | 普快 | 鹰潭 | 15:05 | 第2日04:40 | 04:45 | 上海 | 11:07 |
| 2182/2183 | 普快 | 上海 | 12:40 | 17:57 | 18:00 | 鹰潭 | 09:00 |
| 5055/5058 | 空调普快 | 南京西 | 22:40 | 23:26 | 23:29 | 温州 | 13:05 |
| 5056 | 空调普快 | 温州 | 20:10 | 第2日09:44 | 09:47 | 南京西 | 10:48 |
| N418/N419 | 空调快速 | 上海 | 22:35 | 第2日03:12 | 03:15 | 黄山 | 09:15 |
| N417/N420 | 空调快速 | 黄山 | 21:48 | 第2日04:27 | 04:35 | 上海 | 10:44 |
| 5111/5114 | 空调普快 | 温州 | 21:40 | 第2日11:24 | 11:27 | 南通 | 16:46 |
| 7102 | 普慢 | 黄山 | 06:30 | 15:17 | 15:23 | 南京西 | 17:00 |
| 7101 | 普慢 | 南京西 | 05:20 | 06:04 | 06:20 | 黄山 | 14:40 |
| 5112/5113 | 空调普快 | 南通 | 20:17 | 第2日01:17 | 01:28 | 温州 | 13:45 |
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