六合站目前有4条列车运营线路经过，主要指标包括列车车次、始发站终点站名称、到达时间、发车时间、累计用时、累计距离等。
| 车次 | 类型 | 始发站 | 始发时间 | 六合站 到达时间 |
六合站 发车时间 |
终点站 | 到达时间 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5096/5097 | 普快 | 南京 | 14:08 | 14:46 | 14:48 | 南通 | 18:06 |
| 5095/5098 | 普快 | 南通 | 08:28 | 11:47 | 11:50 | 南京 | 12:28 |
| T782/T783 | 空调特快 | 上海 | 14:39 | 19:10 | 19:14 | 扬州 | 20:05 |
| T781/T784 | 空调特快 | 扬州 | 08:28 | 09:08 | 09:14 | 上海 | 13:22 |
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