阜宁站目前有8条列车运营线路经过，主要指标包括列车车次、始发站终点站名称、到达时间、发车时间、累计用时、累计距离等。
| 车次 | 类型 | 始发站 | 始发时间 | 阜宁站 到达时间 |
阜宁站 发车时间 |
终点站 | 到达时间 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5100 | 普快 | 南通 | 09:14 | 12:25 | 12:28 | 淮安 | 13:19 |
| 5099 | 普快 | 淮安 | 14:15 | 15:12 | 15:18 | 南通 | 18:28 |
| K417/K420 | 空调快速 | 兰州 | 09:51 | 第2日09:43 | 09:45 | 泰州 | 12:38 |
| K418/K419 | 空调快速 | 泰州 | 16:57 | 19:33 | 19:36 | 兰州 | 18:32 |
| K413/K416 | 空调快速 | 四方 | 09:00 | 16:22 | 16:30 | 扬州 | 20:50 |
| K414/K415 | 空调快速 | 扬州 | 09:02 | 13:46 | 13:52 | 四方 | 21:06 |
| 5079 | 普快 | 淮安 | 08:24 | 09:16 | 09:18 | 南通 | 12:41 |
| 5080 | 普快 | 南通 | 14:54 | 18:11 | 18:14 | 淮安 | 19:10 |
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