东台站目前有13条列车运营线路经过，主要指标包括列车车次、始发站终点站名称、到达时间、发车时间、累计用时、累计距离等。
| 车次 | 类型 | 始发站 | 始发时间 | 东台站 到达时间 |
东台站 发车时间 |
终点站 | 到达时间 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| T155/T158 | 空调特快 | 哈尔滨 | 09:55 | 第2日07:26 | 07:28 | 泰州 | 08:29 |
| T156/T157 | 空调特快 | 泰州 | 18:02 | 19:03 | 19:05 | 哈尔滨 | 17:11 |
| 5100 | 普快 | 南通 | 09:14 | 10:41 | 10:44 | 淮安 | 13:19 |
| 5099 | 普快 | 淮安 | 14:15 | 16:57 | 17:00 | 南通 | 18:28 |
| K563/K566 | 空调快速 | 太原 | 13:30 | 第2日07:47 | 07:49 | 南通 | 09:05 |
| K245/K248 | 空调快速 | 扬州 | 10:35 | 13:00 | 13:04 | 成都 | 22:28 |
| K246/K247 | 空调快速 | 成都 | 21:15 | 第3日04:40 | 04:42 | 扬州 | 06:28 |
| K426/K427 | 空调快速 | 连云港东 | 08:18 | 15:21 | 15:37 | 南京 | 20:02 |
| K413/K416 | 空调快速 | 四方 | 09:00 | 18:24 | 18:27 | 扬州 | 20:50 |
| K414/K415 | 空调快速 | 扬州 | 09:02 | 12:12 | 12:14 | 四方 | 21:06 |
| 5079 | 普快 | 淮安 | 08:24 | 11:14 | 11:17 | 南通 | 12:41 |
| 5080 | 普快 | 南通 | 14:54 | 16:16 | 16:23 | 淮安 | 19:10 |
| K564/K565 | 空调快速 | 南通 | 13:04 | 14:21 | 14:23 | 太原 | 09:12 |
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